Wir lassen für unseren Abgleich mit den Shop Systemen das die JTL Software auf dem Server tun. Es wird von JTL empflogen den Internet Explorer zu deinstallieren, doch das geht natürlich nicht per Oberfläche im Windows Server, sondern:

Für den versierten Administrator gibt es allerdings ein paar Konsolen-Befehle, die ihn seinem Ziel näher bringen:
Un-Install IE:

dism /online /Disable-Feature /FeatureName:Internet-Explorer-Optional-amd64

Re-Install IE:

dism /online /Enable-Feature /FeatureName:Internet-Explorer-Optional-amd64

Wichtig dabei zu beachten, dass die Eingabeaufforderung im Modus “Als Administrator ausführen” verwenden.

Mehr dazu und für andere Windows-Versionen unter http://support.microsoft.com/kb/957700.